Kerkingen liegt im Hügelland von Baldern. Auf der Gemarkung befindet sich beim Hof Meisterstall das hallstattzeitliche Grabhügelfeld der Höhensiedlung auf dem Ipf. Neben vorgeschichtlichen Funden gibt es auch Hinweise auf zwei römische Gutshöfe.

Der Ort wurde 1272 als Corkingen erstmals urkundlich erwähnt. Die Endung –ingen im Ortsnamen weist auf eine alamannische Ansiedlung hin. Die Pfarr- und Wallfahrtskirche ZUR HEILIGEN OTTILIA wurde in den Jahren 1470 - 1490 erbaut. Der spätgotische Bau wurde zwischen 1778 und 1781 mit barocken Elementen versehen. Nordwestlich der Kirche stand ein heute eingeebneter Burgstall.

Kerkingen kam 1806 zu Bayern und 1810 an Württemberg. 1972 wurde Kerkingen nach Bopfingen eingemeindet.