Aufhausen liegt unterhalb der Karstquelle der Eger, dort wo das Schenkenbachtal auf das langgestreckte Jurakalktal der Eger trifft. Der Ort wurde um 1136 als Ufhusen urkundlich erwähnt und gehörte zur 1525 zerstörten Burg Schenkenstein, von der noch die Ruine des Bergfrieds erhalten ist.
Im Ort waren seit 1560 Juden ansässig, aus dieser Zeit stammt vermutlich auch der jüdische Friedhof. Von zwei Synagogenbauten (1730 und 1823) gibt es keine Reste mehr. In württembergischer Zeit (1854) erreichte die jüdische Gemeinde mit 42 % ihren größten Anteil an der Bevölkerung. Aus Mangel an Mitglieder wurde die jüdische Gemeinde Aufhausen 1925 aufgelöst.

Anstelle der alten St. Nikolaus Kapelle wurde 1700/02 im Spätrenaissancestil die katholische Pfarrkirche erbaut, später kam ein langer Chor und ein Dachreiter hinzu.

1806 fiel Aufhausen zu Bayern 1810 zu Württemberg. 1975 wurde Aufhausen nach Bopfingen eingemeindet.